Лучше уже первым этапом. Тогда и опалубку на бетонном полу ставить проще.
Нет, проблема не большая, будет стык который без дополнительной ГИ будет пропускать воду.
Пенетрон предлагает какие-то варианты гидроизоляции таких стыков.

есть у меня гидроизоляция типо пластмассы.замажу.

а каким раствором заливаете?имею ввиду песок,гравий,цемент или песок цемент?собираюсь уже дно лить и вот возник вопрос.как бы бетоном надежнее,но может пол лить что бы был типпо стяжки?

Заливаем бетоном водонепроницаемым.
На небольшой площади и бетон можно выровнять не хуже раствора.