вода не испарится.
желательно все таки торцы замонолитить , ну или хотябы укрыть

Почему? отверстия будут продуваться...

Может у вас другие плиты, в ПК с одной стороны отверстия забиты по умолчанию.
Я бы залил армопояс (погода пока позволяет) и поверху плиты укрыл на зиму.

Торцы отверстий ничем не забиты.

Накрыть всю площадь, допустим целофаном, проблем нет. А швы? Все равно воды нальется, особенно весной..

Швы - по сути, нервно курят в коридоре, по сравнению с тем, что может набраться в отверстиях. Я пару лет "отгр****а" потом...Отдельная история, т.к. купила 4 года простоявшую коробку...
Гидроизоляция супер, штукатурку просушили перед отделкой...а сочилось и всё, пока до меня не дошло в чём причина. Просверлили, а оттуда полилось..Посему теперь принцип: поставил, законсервировал, кури бамбук. ;)

я имел в виду швы укрывного материала

Хочу спрятать канализационные трубы проштробив плиту перекрытия вдоль пустоты. Сильно ли это повлияет на ее несущую способность?

нисколько.
только желательно чтоб рядом небыло разных нагрузок т.е. перегородок по разные стороны. это чтоб не прогибались по разному ( хоть и нижняя часть будет целая. мало ли порвет ее)

to Pavel_GGS: У меня тоже плиты заходят длинной стороной на стены (25 см) по 12 см. надо быдет както раздвинуть или менять плиты?

фундаменты под стоблы балконов не залиты еще?